人体机能实验学分中心是基础医学国家级实验教学示范中心（徐州医科大学）的重要组成部分，前身可追溯至2001年由生理学、药理学、病理生理学教研室教学实验室合并组建的机能学实验中心。二十余年来，中心历经合并组建、整合升级、省级示范、国家级示范等重要发展阶段，实现了从单一教研室实验室到国家级基础医学实验教学示范分中心的跨越式发展。
一、合并组建，起步发展（2001—2004年）
2001年12月，学校整合生理学、药理学、病理生理学三个教研室的教学实验室，合并组建机能学实验中心。
2002年10月，机能学实验中心更名为机能学科教学实验室。
2002年12月，机能学科教学实验室通过江苏省教育厅普通高校基础课教学实验室评估验收，实验教学规范化建设迈上新台阶。
二、整合资源，建成省级示范（2005—2011年）
2005年8月，中心被江苏省教育厅遴选为江苏省基础课实验教学示范中心建设点，并顺利通过验收。
2005年9月，基础医学院机能学科教学实验室与麻醉学院机能实验室合并为机能学实验中心。整合后中心直属学院领导，实行校、院两级管理与中心主任负责制，实现人员、经费、物资的统一管理与统筹调配，实验教学资源得到进一步优化配置。
2009年4月，机能学实验中心通过江苏省教育厅省级实验教学示范中心评估验收，实验教学与实验室建设工作全面达到省级示范水平。
三、整合升级，跻身国家级行列（2012—2016年）
2012年4月，学校在原有形态学、机能学和医学生物化学与分子生物学三个省级实验教学示范中心的基础上，成立基础医学实验教学中心，本中心作为机能学实验分中心纳入其中，实现人员、经费、物资的统筹管理。
2014年，中心通过教育部国家级实验教学示范中心评审；2015年，基础医学实验教学中心正式获批为国家级基础医学实验教学示范中心，本中心随之更名为"人体机能实验学分中心"，进入国家级实验教学示范平台行列。
2016年3月，经教育部批准，徐州医学院更名为徐州医科大学，同年4月6日起正式启用新校名。学校发展进入新阶段，中心依托学校平台迎来新的发展机遇。
四、内涵建设，创新发展（2017年至今）
获批国家级实验教学示范中心以来，中心进入内涵建设与创新发展的新阶段，坚持"四个结合"教学理念，即理论与实践结合、验证与创新结合、虚拟与实操结合、素质与能力结合，持续深化实验教学改革，着力构建高水平实验教学平台。
中心面向临床医学类、药学类、公共卫生与预防医学类、医学技术类、生物医学类、护理学类等多个专业承担机能学科实验教学任务，年均承担约4000名学生的实验教学任务，教学工作量约17万人时数。中心建有14间学生专用多媒体综合教学实验室，配备虚拟实验室与大学生科创实验室，配置BL-420生物信号采集系统80余套、BL-421/422系列信息化集成化信号采集与处理系统36套及医学机能虚拟实验系统1套，有力支撑了实验教学的现代化发展。
中心坚持以国家级、省级、校级大学生创新训练计划项目为依托，组织学生开展自主选题、查阅文献、设计实验方案、完成开题报告、开展实验、撰写论文并参与答辩等全流程初级科研训练，着力培育高素质创新型医学人才。近3年，中心先后承担省级以上大学生实践创新训练项目20余项。
在示范引领与内涵提升方面，中心持续强化国家级实验教学示范平台的建设与辐射带动作用。2023年8月31日，江苏省国家级实验教学示范中心现场检查专家组来校，对基础医学国家级实验教学示范中心（徐州医科大学）开展阶段性总结现场考察，中心建设成效接受了全面检验。