2004年，形态学实验教学中心正式成立，主要由人体解剖学、组织学与胚胎学、病原生物学与免疫学、细胞生物学、病理学等学科的教学实验室整合而成。2009年，中心成为江苏省高等学校基础实验教学示范中心建设点，于2012年通过验收，正式成为江苏省高等学校基础实验教学示范中心点。2012年，中心与姊妹单位医学生物实验学分中心、人体机能实验学分中心整合，建立基础医学实验教学中心，并于2015年正式获批为基础医学国家级实验教学示范中心，本中心也随之更名为“医学形态实验学分中心”。
目前，本中心实验教学专职人员共有99人，具有高级职称人员10人，具博士学位及在读博士61人、硕士学位33人；中心平台总面积为4649 平方米，其中有40个教学实验室（包括显微数码互动教室、虚拟云端 教学机房、生命科学馆等）；已注册的仪器设备有3894件、合计1703.1万元 。
此外，本中心下设的生命科学馆，2004年命名为徐州市科普教育基地，2017年被命名为“2017-2021年江苏省科普教育基地”。
2018年，基础医学国家级实验教学示范中心在本中心建立虚拟仿真实验平台，并于2019年向学校全面开放使用。