2004年，形态学实验教学中心正式成立，主要由人体解剖学、组织学与胚胎学、病原生物学与免疫学、细胞生物学、病理学等学科的教学实验室整合而成。2009年，中心成为江苏省高等学校基础实验教学示范中心建设点，于2012年通过验收，正式成为江苏省高等学校基础实验教学示范中心点。2012年，中心与姊妹单位医学生物实验学分中心、人体机能实验学分中心整合，建立基础医学实验教学中心，并于2015年正式获批为基础医学国家级实验教学示范中心，本中心也随之更名为“医学形态实验学分中心”。
目前，本中心实验教学人员共有137人，其中高级职称人员65人。中心总面积4667.31平方米，包含虚拟仿真教学平台、显微数码互动教室及各学科本科实验教学实验室等。中心已注册的仪器设备3000余件，合计1600余万元，面向我校医学及其相关专业本科生、 研究生、 留学生开放，为我校高水平大学建设、 国家级一流专业及一流课程建设提供了强有力的师资队伍和资源保障。
此外，本中心下设的生命科学馆于2004年获评徐州市科普教育基地，2017年晋升为“江苏省科普教育基地”，2024年又入选江苏省科协“科普江苏”计划——专业科普场馆开放支持计划。同时，中心还建有大学生科创平台，能够充分满足本科生科研探索与创新实践等方面的需求。