基础医学国家级实验教学示范中心的前身，由医学生物化学与分子生物学教学实验中心（2005年获批）、机能学实验中心（2007年获批）、形态学实验教学中心（2009年获批）等三个省级实验教学示范中心有机整合、组建而成，并于2015年获批国家级实验教学示范中心。中心秉承“大中心、大平台、大协作、大支撑”的发展理念，在遵循基础医学实验教学的基本规律和特点的前提下，为更好地培养适应国家及区域医药卫生事业发展和经济建设需要的高素质、高水平卓越医学人才，相继搭建了医学生物实验学分中心、医学形态实验学分中心、人体机能实验学分中心、虚拟仿真中心、生命科学馆、大学生科创基地等教学平台。2021年获评优秀基础医学国家级实验教学示范中心。
中心在学校运行管理委员会和教学指导委员会的管理、指导下，“管理机制-质量体系-评估制度”三维并举，构建了“人员管理体系、仪器设备管理体系、质量保障体系、教学质量评价体系”实验管理四大运行管理保障体系，建立健全了相关制度和政策，保障人、财、物资源统筹；建立了全面、综合、动态、多样、科学客观的教学质量和保障评价体系，制定了涵盖备课、试讲、督教、督学、督管等教学各环节的教学质量监控制度，形成监督—评价—反馈—整改的教学质量闭环管理，确保教学有章可循，过程规范有序，保证了教学质量。
中心现有人员181人，理论与实验教师互通，2018年以来来，专任教师高级职称人员由65%增加到72.9%，博士占比由64%上升至 92.7%，博导47人，硕导82人，30-45岁教师占比66.4%。已形成理念先进、结构合理、勇于创新的实验教学团队。5年来，教学团队主编、副主编教材、大型实验专著 15 部，创编的案例版教材为兄弟高校使用和借鉴参考；参编《基础医学实验教学基本要求行业共识》，供国内临床医学专业学生使用。同时充分发挥“课程思政”育人作用，获批省“课程思政”示范课程4门；引领课程建设，获评国家级一流课程10门，省级一流课程24门；获评省教学成果一等奖、二等奖各1项。构建了案例引导的基于器官系统的基础医学融合课程实验教学新体系，助力临床医学专业通过教育部认证；助推学校获批国家级一流专业建设点14个，覆盖在校生总数的88.48%；获国家“卓越医生教育培养计划”项目和中央财政专项资金建设项目多项，助推一批省品牌专业、重点专业(类)建设。
中心现有教学用房面积16337平方米，教学设备8801台，已建成数码互动实验室13间，机位420个，PBL教室3间和智慧录播室1间，同时拥有形态学数字切片工作站、数字人解剖系统、 AR 解剖系统、模拟手术台、生理驱动模拟人及虚拟仿真实验实训项目等数字化学习平台。依托平台建成在线课程63 门、数字教材 5 门、虚拟仿真实验项目 205 项，其中与企业合作开发虚拟仿真项目11 项，与贵州医科大学合作成立基础医学整合实验课程虚拟教研室，共同构建培养创新型医学人才资源库。为教育均衡优质发展和教育教学质量的有效提升提供了有力保障。
中心按照“立足江苏、辐射全国、面向世界”的服务定位，聚焦国家人才战略和社会发展需求，秉持“强化基础、注重实践、培养能力、鼓励创新、提高素质”的实验教学理念，持续改进“以学生能力培养为主线、临床案例引导的理论实践相互结合、基础临床相互渗透、教学科研相互促进、学校社会协同育人”的实验教学体系，以早临床、早整体观、早科研、早社会实践“四早育人”为改革理念，深化“模块化、整合性、层次化”的实验教学模式，助推教育、科技、人才三位一体融合发展，全面提高人才培养质量。
中心面向我校医学及其相关专业的本科生、研究生、留学生累计35000 余人，开设实验教学课程27 门，实验项目 243 个，年实验教学量近 65 万人时数。中心践行的启发性、自主性、问题式学习，促进了基础与临床融合，培育了医学生综合素养，提升了医学生胜任力和实践创新能力。通过实验教学和科创保障，提升学生创新能力，为拔尖创新人才培养储备生力军。5年来，学生先后获省级竞赛奖项 200余项，其中获“创青春”、“挑战杯”、“互联网+”竞赛金银奖、全国大学生生命科学竞赛特等奖、全国高校企业数字化运营挑战赛特等奖、全国大学生基础医学创新大赛金、银奖等，均为学校历史性突破。
中心发挥辐射带动效应，多次参加国内外教学会议交流经验，为同类院校案例教学提供参考。联合南方医科大学开展面向全国高等医药院校教学改革与课堂设计研修班，惠及300余人；接收2所高校教师来校进修学习。依托中心省科普基地，面向社会进行医学科普知识宣讲，开放线上、线下服务5万余人次；定期组织科普宣传周暨实验室开放日活动，累计接待近2000人次；带领学生团队“送医下乡”，宣传医学知识，助力健康教育。
中心将继续依据学校办学定位，以先进的教育思想和理念为先导，以培养高素质创新人才为根本，以国家本科医学教育标准为准绳，以深化教学内容和课程改革为目标，不断优化以能力培养为主线的医学实践教学和课程体系，提高基础医学实验教学水平和质量。